Тиосульфат используется в химической промышленности, при производстве бумаги, в кожевенной и легкой промышленности, при обработке руд, а также при изготовлении антибиотиков и питательных сред в фармацевтике. Помимо этого, натрий тиосульфат встречается в пищепроме — как пищевая добавка Е539, и в производстве бытовой химии.

Также натрием тиосульфата пользуются для устранения хлорных следов, оставленных при отбеливании тканей. Применяют его и для получения серебра из руд.

Широкое применение гипосульфит нашел и в медицине. Его используют при лечении чесотки, в качестве противоядия при отравлениях ртутью или соединениями мышьяка. Натрий тиосульфат обладает противовоспалительным и противоожоговым эффектом.

Натрий серноватистокислый — сильный восстановитель. Тем не менее, его раствор хорошо сохраняется.